{"id":208700,"date":"2021-03-03T11:26:22","date_gmt":"2021-03-03T14:26:22","guid":{"rendered":"https:\/\/www.caririemacao.com\/1\/?p=208700"},"modified":"2021-03-03T11:26:25","modified_gmt":"2021-03-03T14:26:25","slug":"e-fundamental-ter-autonomia-para-sequenciamento-genomico-de-virus-diz-pesquisadora","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.caririemacao.com\/1\/2021\/03\/03\/e-fundamental-ter-autonomia-para-sequenciamento-genomico-de-virus-diz-pesquisadora\/","title":{"rendered":"&#8216;\u00c9 fundamental ter autonomia para sequenciamento gen\u00f4mico de v\u00edrus&#8217;, diz pesquisadora"},"content":{"rendered":"\n<p>Os cientistas conhecem pouco dos mais de 500 mil v\u00edrus com potencial para causar doen\u00e7as em humanos. O monitoramento constante desses v\u00edrus \u00e9 uma \u00e1rea ainda negligenciada da ci\u00eancia em todo o mundo, segundo a bi\u00f3loga Emma Hodcroft, 34.<\/p>\n\n\n\n<p>Atualmente associada como p\u00f3s-doutora na Universidade de Bern, na Su\u00ed\u00e7a, a epidemiologista molecular que nasceu na Noruega e cresceu entre Arlignton, no Texas (EUA), e Aberdeen, na Esc\u00f3cia, estuda h\u00e1 mais de uma d\u00e9cada gen\u00f4mica de v\u00edrus.<\/p>\n\n\n\n<p>No \u00faltimo ano, voltou sua pesquisa ao Sars-CoV-2. A partir de amostras disponibilizadas na plataforma Nexstrain, passou a produzir gr\u00e1ficos que acompanhavam o deslocamento das diferentes cepas do v\u00edrus no mundo todo e criou a plataforma covariants.org, que re\u00fane todas as variantes do Sars-CoV-2 conhecidas, por muta\u00e7\u00f5es ou por regi\u00e3o geogr\u00e1fica.<\/p>\n\n\n\n<p>Al\u00e9m da import\u00e2ncia de compreender o deslocamento em tempo real das variantes do v\u00edrus, o monitoramento pode apontar sequ\u00eancias com muta\u00e7\u00f5es importantes, do ponto de vista epidemiol\u00f3gico, explica.<\/p>\n\n\n\n<p>&#8220;Foi assim que vimos as primeiras sequ\u00eancias da variante do Reino Unido, com uma muta\u00e7\u00e3o importante que, depois, constatou-se estar associada a maior transmissibilidade&#8221;, afirma.<\/p>\n\n\n\n<p>Agora, as variantes, que j\u00e1 s\u00e3o seis conhecidas em todo o mundo, parecem causar uma preocupa\u00e7\u00e3o maior pelo seu potencial na a\u00e7\u00e3o das vacinas. &#8220;Uma das boas not\u00edcias \u00e9 que as vacinas parecem ser facilmente atualizadas.&#8221;<\/p>\n\n\n\n<p>De sua casa, Hodcroft conversou com a reportagem por meio de v\u00eddeo.<\/p>\n\n\n\n<p>Confira a entrevista abaixo:<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Pergunta &#8211; De onde partiu a iniciativa de fazer a plataforma covariants.org e como enxerga essa ferramenta como sendo \u00fatil para vigil\u00e2ncia de v\u00edrus em geral?<\/strong><br>Emma Hodcroft &#8211; A cria\u00e7\u00e3o da plataforma veio na esteira de um trabalho que realizei no ver\u00e3o de 2020 sobre a variante EU.1, que foi primeiro identificada na Espanha e rapidamente se espalhou por todo o continente europeu. Quando estava monitorando essa variante, precisava conseguir identificar quais sequ\u00eancias eram ligadas a ela e quais eram da linhagem original B.1, e a\u00ed comecei a perceber que todos os pa\u00edses t\u00eam uma quantidade consider\u00e1vel de sequ\u00eancias pr\u00f3prias. Mais do que isso, eu pude acompanhar, em tempo real, a movimenta\u00e7\u00e3o da variante espanhola por todo a Europa, o que est\u00e1 em parte relacionado ao comportamento das pessoas no ver\u00e3o. Eu recebia pedidos de pesquisadores que queriam utilizar meus scripts o tempo todo, ent\u00e3o a cria\u00e7\u00e3o da plataforma foi para ter em um \u00fanico lugar, constantemente atualizado, toda essa informa\u00e7\u00e3o.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Hoje se fala muito em vigil\u00e2ncia gen\u00f4mica, ou o monitoramento de novas variantes, feito a partir do sequenciamento de amostras, mas existe uma discrep\u00e2ncia entre o quanto alguns pa\u00edses conseguem sequenciar em rela\u00e7\u00e3o a outras. Acha que existe uma porcentagem ideal de quanto deve ser sequenciado para conseguir identificar novas variantes?<\/strong><br>EH &#8211; Poucos pa\u00edses t\u00eam o tipo de sistema de vigil\u00e2ncia que o Reino Unido montou, e mesmo assim eles n\u00e3o sequenciam todas as amostras que coletam. O c\u00e1lculo deve ser feito com base nas limita\u00e7\u00f5es do pa\u00eds e quais s\u00e3o as suas possibilidades verdadeiras. Pode ser que os primeiros cinco casos com uma variante nova n\u00e3o sejam identificados, mas o c\u00e1lculo deve levar em conta quantos casos com a nova variante surgiram at\u00e9 ser poss\u00edvel identific\u00e1-la. Essa identifica\u00e7\u00e3o foi feita ap\u00f3s o sequenciamento de quantas amostras? 5%? 10%? Ou 1%? Ok, ent\u00e3o vamos sequenciar pelo menos 1% de todas as amostras.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>O sequenciamento gen\u00f4mico \u00e9 altamente comprometido em pa\u00edses como o Brasil, onde os equipamentos e os insumos s\u00e3o caros e n\u00e3o h\u00e1 muito investimento. Como acredita que outros pa\u00edses, como EUA e Inglaterra, podem ajudar no sequenciamento global de v\u00edrus emergentes?<\/strong><br>EH &#8211; Acredito ser uma ideia, embora na pr\u00e1tica possa ser complicado. Mesmo esses pa\u00edses demoraram muito tempo para conseguir manter uma boa capacidade de sequenciamento e eles v\u00e3o focar seus esfor\u00e7os neles pr\u00f3prios. Contar com outros pa\u00edses n\u00e3o \u00e9 a abordagem que acho ideal na ci\u00eancia. Mas, claro, em cen\u00e1rios de emerg\u00eancia global, se um pa\u00eds n\u00e3o tem como realizar sua pr\u00f3pria vigil\u00e2ncia gen\u00f4mica e quer enviar amostras para serem sequenciadas no exterior, isso n\u00e3o deve impedi-lo, mas a longo prazo acredito ser mais produtivo criar sistemas de vigil\u00e2ncia que deem autonomia para os pr\u00f3prios pa\u00edses.<br>No caso do Brasil, h\u00e1 o conhecimento e o corpo t\u00e9cnico qualificado para fazer sequenciamento gen\u00f4mico, o que n\u00e3o tem \u00e9 investimento, al\u00e9m de faltar equipamentos, que s\u00e3o caros, ou reagentes. E esses problemas s\u00e3o mais f\u00e1ceis de serem resolvidos. H\u00e1 solu\u00e7\u00f5es que s\u00e3o mais pr\u00e1ticas. Eu espero que a pandemia realmente traga um olhar e uma preocupa\u00e7\u00e3o para a quest\u00e3o de vivermos em um mundo global. Uma variante que surge na \u00c1frica do Sul ou em Manaus deve tamb\u00e9m causar preocupa\u00e7\u00e3o em outros pa\u00edses, pois ela pode gerar novos surtos ou at\u00e9 mesmo acabar com os esfor\u00e7os de vacina\u00e7\u00e3o. O mundo todo se beneficia quando h\u00e1 um conhecimento global da evolu\u00e7\u00e3o da Covid-19, e mesmo ap\u00f3s a pandemia, pense em toda a rede de informa\u00e7\u00e3o produzida que pode ser usada para outros v\u00edrus.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>A sua plataforma \u00e9 de acesso aberto em rela\u00e7\u00e3o aos dados de sequ\u00eancias e monitoramento das variantes. Qual a sua opini\u00e3o a em rela\u00e7\u00e3o a dados que sejam de extrema relev\u00e2ncia cient\u00edfica serem disponibilizados de forma universal e gratuita para todos?<\/strong><br>EH &#8211; Essa \u00e9 uma quest\u00e3o interessante. De um ponto de vista te\u00f3rico, \u00e9 f\u00e1cil argumentar que esses dados sejam abertos e acredito que estar\u00edamos em uma situa\u00e7\u00e3o global bem complicada se a primeira sequ\u00eancia do Sars-CoV-2 n\u00e3o tivesse sido colocada online. Mas \u00e9 importante colocar as coisas em contexto. A primeira \u00e9 que o meio acad\u00eamico sofre grande press\u00e3o por publica\u00e7\u00e3o. Publicar suas descobertas em artigos cient\u00edficos \u00e9 a moeda corrente de um cientista, \u00e9 como ele ou ela consegue uma promo\u00e7\u00e3o, um financiamento para sua pesquisa ou ser contratado, e se esse cientista colocar as suas sequ\u00eancias online e algu\u00e9m public\u00e1-las primeiro, ele perde a prioridade da descoberta, e infelizmente na ci\u00eancia ser a segunda pessoa a publicar algo n\u00e3o \u00e9 t\u00e3o bom. Ent\u00e3o \u00e9 dif\u00edcil dizer: ei, sabe esse trabalho \u00e1rduo que voc\u00ea fez, isso tudo n\u00e3o importa, voc\u00ea precisa divulgar seus dados para todos. A press\u00e3o em cima dos cientistas \u00e9 muito forte e muitos t\u00eam medo de fazer isso, de forma compreens\u00edvel.<br>O outro ponto \u00e9 no caso dos pa\u00edses emergentes. H\u00e1 uma consci\u00eancia de como foi dif\u00edcil obter aqueles dados, o financiamento \u00e9 prec\u00e1rio, n\u00e3o h\u00e1 investimento em pesquisa b\u00e1sica, e depois de muito trabalho eles conseguiram gerar aquelas sequ\u00eancias e \u00e9 preciso dar cr\u00e9dito a eles, inclusive para depois argumentarem para fazer novos pedidos de financiamento. Hoje tratamos apenas dos sintomas de um sistema deficiente, e n\u00e3o resolvemos o problema, mas acredito que \u00e9 preciso dar alguma garantia aos pesquisadores de que eles n\u00e3o v\u00e3o ser prejudicados por um sistema mais sustent\u00e1vel, em que os dados s\u00e3o todos abertos. O momento atual possibilitou de uma certa forma tentar equilibrar esses dois pontos, como ter dados que s\u00e3o \u00fateis para cientistas do outro lado do mundo sem que isso signifique perder a prioridade cient\u00edfica. Assinar termos de responsabilidade para acessar esses dados \u00e9 uma forma, em que voc\u00ea diz claramente que n\u00e3o vai &#8216;roubar&#8217; esses dados, mas sim trabalhar em colabora\u00e7\u00e3o com os autores.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Recentemente, uma nova variante surgiu nos EUA, no sul do estado da Calif\u00f3rnia. O que sabemos at\u00e9 o momento sobre ela e sobre outras variantes que possam surgir?<\/strong><br>EH &#8211; Nos EUA, a vigil\u00e2ncia dos estados \u00e9 muito discrepante, com alguns estados sequenciando absolutamente tudo enquanto outros quase n\u00e3o geram nenhuma sequ\u00eancia. A \u00faltima vez que realizei uma an\u00e1lise [no dia 18 de fevereiro], havia pouco mais de 40 amostras dessa variante. Agora, com o novo governo, houve uma melhora no sequenciamento em todo o territ\u00f3rio. Essa variante que surgiu na Calif\u00f3rnia [chamada CAL.20C] ainda est\u00e1 muito concentrada nesse estado, mas ela j\u00e1 se espalhou quase que pelo pa\u00eds inteiro. \u00c9 dif\u00edcil ainda dizer se ela \u00e9 t\u00e3o mais transmiss\u00edvel quanto, por exemplo, a B.1.1.7 [do Reino Unido], mas afirmar algo do ponto de vista epidemiol\u00f3gico de uma variante quando o sequenciamento \u00e9 baixo tamb\u00e9m \u00e9 complicado. \u00c9 preciso ter muito cuidado para n\u00e3o dar caracter\u00edsticas ao v\u00edrus que podem estar associadas ao comportamento humano, como, por exemplo, pessoas que viajaram no feriado de A\u00e7\u00e3o de Gra\u00e7as ou durante o Natal e levaram o v\u00edrus consigo.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Como identificar e descrever novas variantes pode ser \u00fatil para a sa\u00fade p\u00fablica?<\/strong><br>EH &#8211; Acho que o primeiro ponto, antes de ver se existe alguma muta\u00e7\u00e3o potencialmente mais danosa ou transmiss\u00edvel, \u00e9 monitorar o seu deslocamento. De novo, voltando para a variante espanhola, ela n\u00e3o tinha absolutamente nada de especial, n\u00e3o afetava em nada a transmiss\u00e3o, mas ainda assim pudemos monitorar como ela se espalhou por todo o continente europeu em um curto espa\u00e7o de tempo devido ao comportamento humano, e isso jamais seria poss\u00edvel sem sequenciamento. Depois, com mais dados foi poss\u00edvel ver que ela n\u00e3o era mais transmiss\u00edvel.<br>J\u00e1 a vantagem mais evidente \u00e9 quando uma nova variante traz uma muta\u00e7\u00e3o que tem um efeito claro em como o v\u00edrus infecta e causa a doen\u00e7a, como \u00e9 o caso da B.1.1.7. Nesse sentido, a variante ajudou tamb\u00e9m a ajustar a comunica\u00e7\u00e3o do governo brit\u00e2nico com a popula\u00e7\u00e3o porque a alta de casos no sul de Londres n\u00e3o podia estar simplesmente associada a um grande n\u00famero de pessoas que n\u00e3o respeitavam as medidas protetoras. O governo investigou e observou que, sim, havia uma variante mais transmiss\u00edvel. Nesse sentido o monitoramento pode auxiliar pol\u00edticas de sa\u00fade p\u00fablica.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>O que sabemos at\u00e9 agora sobre o impacto das novas variantes na efic\u00e1cia das vacinas e nos testes diagn\u00f3sticos?<\/strong><br>EH &#8211; At\u00e9 onde eu sei, as novas variantes, \u00e0 exce\u00e7\u00e3o daquela que surgiu na \u00c1frica do Sul e talvez a do Brasil, n\u00e3o t\u00eam tanta a\u00e7\u00e3o nas vacinas, mas as pesquisas ainda est\u00e3o em andamento. O que parece preocupar \u00e9 a muta\u00e7\u00e3o E484K, presente nas variantes sul-africana e manauara. Basicamente, essa muta\u00e7\u00e3o faz com que os anticorpos n\u00e3o reconhe\u00e7am t\u00e3o bem assim o v\u00edrus, e isso pode afetar a prote\u00e7\u00e3o do sistema imune. Uma das boas not\u00edcias \u00e9 que as vacinas parecem ser de f\u00e1cil atualiza\u00e7\u00e3o, e as vacinas que usam o v\u00edrus inteiro, com metodologia mais tradicional, parecem n\u00e3o sofrer tanto com essas muta\u00e7\u00f5es. Em rela\u00e7\u00e3o aos testes, a variante brit\u00e2nica afeta de certa forma os testes RT-PCR. Basicamente, os exames procuram tr\u00eas genes do v\u00edrus, dois na prote\u00edna S do Spike e um gene fora dessa prote\u00edna, e a variante brit\u00e2nica tem uma dele\u00e7\u00e3o em um desses genes, ent\u00e3o o PCR n\u00e3o capta esse terceiro ponto. Mas ele capta os outros dois, o que s\u00f3 quer dizer que voc\u00ea consegue uma confirma\u00e7\u00e3o do v\u00edrus e ainda tem um b\u00f4nus de saber que carrega a linhagem do Reino Unido.<\/p>\n\n\n\n<p><strong>Voc\u00ea acredita que a nossa sociedade como um todo vai sair dessa pandemia com um melhor conhecimento da ci\u00eancia, sua import\u00e2ncia e do financiamento para pesquisa e de como a vigil\u00e2ncia global de v\u00edrus pode desempenhar um papel fundamental?<\/strong><br>EH &#8211; Eu espero de verdade, embora seja otimista. Mas \u00e9 importante notar como ter uma infraestrutura b\u00e1sica para ci\u00eancia ajudou alguns pa\u00edses inclusive a fazerem a primeira determina\u00e7\u00e3o de casos de Covid-19. O benef\u00edcio de ter investimento em ci\u00eancia \u00e9 claro. Hoje \u00e9 a pandemia, amanh\u00e3 pode ser um surto de uma doen\u00e7a end\u00eamica ou de uma nova epidemia. A autossufici\u00eancia, n\u00e3o depender de outros pa\u00edses para ter sua pr\u00f3pria vigil\u00e2ncia de doen\u00e7as emergentes \u00e9 fundamental. \u00c9 um cen\u00e1rio de ganho para todos. Antes de come\u00e7ar a trabalhar com Sars-CoV-2, eu trabalhei com outros v\u00edrus pouco conhecidos. Em um bom momento da minha pesquisa eu tinha 800 sequ\u00eancias, hoje temos mais de meio milh\u00e3o de sequ\u00eancias dispon\u00edveis no GeneBank [uma esp\u00e9cie de biblioteca gen\u00e9tica virtual]. Eu espero que tudo que aprendemos com essa pandemia possa ser usado para criar essas infraestruturas de sequenciamento, porque n\u00f3s somos uma sociedade global, n\u00f3s vivemos em um mundo globalizado. Esse \u00e9 o nosso preparo para o que vier pela frente.<\/p>\n\n\n\n<p><em>ClickPB<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Os cientistas conhecem pouco dos mais de 500 mil v\u00edrus com potencial para causar doen\u00e7as em humanos. 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